Prähistorische Zeit (6.000 - 1.000 BC)
  

Bereits in der frühen Jungsteinzeit entwickelte sich auf den Inseln in der nördlichen Ägäis, zu der auch Chios und Psara gehören, eine bedeutende Zivilisation. Aufgrund ihrer ausgezeichneten ökologischen Bedingungen zogen die Inseln bereits seit frühester Zeit Siedler an.

Während der 4.000 Jahre währenden Periode, die zwischen der Jungsteinzeit und der Bronzezeit (6000-2000 BC) liegt, hat Chios viele kulturelle und wirtschaftliche Entwicklungsstadien durchlebt. Das beweisen die Ausgrabungen in den Gebieten von Emporio und Aghio Galas sowie die reiche chiotische Tradition.

Doch wer waren diese ersten Siedler? Diese Frage können Historiker bis heute nicht mit Sicherheit beantworten. Nach einer Version könnten sich hier die Pelasgier niedergelassen haben. Das beweisen vor allem viele bis heute überlieferte Ortsnamen wie Pelinaion, Kronos, Dotion oder Larisson. Nach der zweiten Fassung war der erste Siedler Oinopion, ein Sohn des Dionysos, der von Kreta stammte. Die Insel wurde nach seiner Tochter, der Nymphe Chion, Chios benannt. Die dritte Version stammt vom Historiker Isidoros, nach dessen Überlieferung der Name Chios von den Phöniziern stammt und die syrische Bezeichnung für Mastix ist.

Sehr wahrscheinlich wurde die Insel zuletzt vom Stamm der Avantes aus Euböa bewohnt, bevor die Ionier kamen. Die traditionellen Überlieferungen berichten von einem König namens Amphiklos, der aufgrund des Orakels von Delfi nach Chios kam. Vier Generationen später berichten die Aufzeichnungen von König Hektor, der die ehemaligen Einwohner der Insel vertrieb. Die Zerstörung der mykenischen Siedlungen in Emporio überschneidet sich mit dem Beginn der ionischen Kolonialisierung. Daher geht man davon aus, dass die Ionier die Mykenen aufgrund von Rassenkonflikten vertrieben.